超聲清洗對大部分工件都是無損的。盡管每秒上千次的微產生的效果是強勁的，但清洗過程是安全的，因為這種能量處在很小的能量量級上。但亦有例外的情況，有可能會引起被清洗工件的損傷。
1．選用了對被清洗物有化學腐蝕的清洗液。因為清洗劑對被洗工件的潛在的負作用有可能被超聲波加強。應最小心的選擇合適的超聲清洗劑。
2．被清洗物直接放置在超聲振動體表面。會造成工件表面輕微劃傷。應采用清洗吊籃等合理的清洗方式。工件于放置在有孔的托盤或網狀托籃中。
3．過強的超聲功率密度�？赡軗p害某些貴重精細物品的表面，如石英，貓眼石，珍珠，翡翠，孔雀石，綠寶石和珊瑚等。清洗此類物品時應慎重，可選用超聲功率可連續調節的超聲設備。