對加速器室采用了兩道醫用鉛門的設計，自行制作。于2019年11月通過了驗收測試，簡介如下:
第一道鉛門是含一層3mm厚鉛板的木結構雙開推拉門。
第二道鉛防護門寬120cm，高200cm，厚14cm，兩層4mm厚鋼板、內夾一層3mm厚鉛板和7cm厚石蠟硯，外包五合板組成的中子防護門，重量800kg、用壓力軸承，兩個門肘同心位置安裝。平時該門處于半開位，選用15MV-X線時，才關閉此門.推拉此門只需2-3秒時間，無噪音，避免了采用機械電動門的龐大笨重、噪音以及可能發生機械故障和停電的麻煩等缺點，造價一萬元。是機械電動門費用的1/3.
經北京市防疫站射線防護科檢測.按上述使用條件，兩道門的防護均合格，第一道門外X射線為本底水平、中子線為0.
防輻射鉛門所用的材料鉛、硼和石蠟等的厚度以及門的大小.應根據射線能量.機房大小及迷路的長度和形狀來決定，避免采取防護材料趁厚越保險的方針。隨加速器提供的防護門的規格僅作參考.鉛門廠家對我院提供的防護門鉛厚20mm,聚乙烯厚100mm。鉛門廠家提供的代表性中子防護門，含鉛厚達25. 4mm,硼塑厚為100-130mm.
我院加速器室的迷路較長(8米)，并有一斜度（約10°），在迷路進機房的拐角的外堵采用凹形設計，使射線在此遭受迷失，減弱了射向防護門方向的射線強度，也是減少防護門厚度的因素之一。我院在只關閉第一道門用15M V-X射線時，檢測門外X線只有0. 35MR/h，中子線0. 36mrem/h，如果加速器室迷路設計成兩個彎道，則可能只需用一道普通防護門，而不需要中子防護門，目前對防護門的設計尚無簡便可靠的計算方法，故這樣設計制作。
