酶標儀和分光光度計都是實驗室常用的分析測量工具，它們的測定原理是相同的，都是使用朗伯-比耳定律，測定的都是樣本的吸光度。
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同為實驗室內測定吸光度的儀器，酶標儀和分光光度計存在一些不同之處，具體差別體現在以下三個方面：
(1)盛裝待測溶液的容器：
分光光度計用的是比色皿，酶標儀使用的是塑料微孔板(酶標板)。比色皿只能起到盛裝溶液的作用，每個比色皿一次只能盛裝一種溶液。酶標板常用透明的聚乙烯材料制成，對抗原抗體有較強的吸附作用，因此用它作為固相載體，酶標板通常為48孔或96孔，每個微孔可以盛裝不同的溶液。
(2)光路的方向：
分光光度計是水平光路，而酶標儀則是垂直光路。由于酶標板盛樣本的塑料微孔板是多排多孔的,光線只能垂直穿過,因此酶標儀的光束都是垂直通過待測溶液和微孔板的,光束既可是從上到下,也可以是從下到上穿過比色液。垂直光的特點是標本吸光度受液體濃縮或稀釋的影響小，不足之處是受被測樣本液面是否水平、酶標板透光性、孔底是否平整等的影響較大。
(3)光路的長度：
由于光密度(OD值)與吸光系數,待測組分的濃度以及光路長度成正比關系。
分光光度計采用的比色杯的寬度通常是1cm，所以光路長度固定為1cm。因此不同儀器，不同批次測量的數據具有同樣的可比性。
而酶標儀采用的是垂直光路,所以光路的長度應該是液體液面的高度。所以測得的值受到樣品的體積的影響。