凈化車間制藥設備的選擇是保證生產任務，獲得良好效益的重要前提。設備類型不同提供的條件不一樣，對工程項目的生產能力、作業的可靠性、產品的成本和質量等，都有影響。在設備選型時，要選用先進可靠、運行高效、生產節能、維修方便、經濟合理、符合要求的系統設備。具體進行凈化車間制藥設備的選型設計如下：

凈化車間、無塵車間設備的選型和設計必須充分考慮工藝上的要求，選用的設備能與生產規模相適應，并應獲得的單位產量；操作可靠、降低勞動強度、提高勞動生產率；有合理的溫度、壓強、流量、液位的檢測、控制系統；能改善環境保護；能適應產品品種變化的要求，并確保產品質量。凈化車間制藥工藝生產中絕不允許把不成熟或未經生產考驗的設備用于設計之中，同時設備選型的材質方面也要求充分可靠，對生產中的關鍵設備，一定要到設備的使用工廠去考察，在調查研究和對比分析的基礎上，做出科學的決定。

設備要具有足夠的剛度，塔設備中的塔板、受外壓的容器殼體、端蓋等都要滿足剛度要求；凈化車間設備的主體部分和其他零件，都要由足夠的強度，以保證生產和人生安全，一般在設計時常將各零件做成等強度，這樣最節省材料，但有時也有意識地將某一零件的承載能力設計得低一些，當過載時這個零件首先破壞而使整個設備不受損壞。設備要易于操作和維修；容器的尺寸、形狀及重量等應考慮到水陸運輸的可能性，對于大型的、特重的容器可分段制造、分段運輸、現場安裝。凈化車間、無塵車間制藥生產過程中所用的基本原料、中間體和產品等大多都有腐蝕性，因為所選的設備應具有一定的耐腐蝕能力，使設備具有一定使用壽命；另外凈化車間的設備應有足夠的密封性，以免泄露造成事故。工藝設備應盡量在已有的定型設備中選擇，這些設備來源于各設備生產廠家，若選不到合適的設備，再進行設計，直到合適滿意。